L’Istituto Filosofico-Teologico di Viterbo è sorto con la Convenzione del 30 settembre 1998, sottoscritta dal Vescovo di Viterbo, dal Superiore Generale della Congregazione di S. Giuseppe (Giuseppini del Murialdo) e dal Ministro Provinciale dei Frati Cappuccini del Lazio. La Convenzione ha determinato la fusione dei tre Istituti Teologici fino a quel momento operanti in Viterbo: l’Istituto Filosofico - Teologico S. Pietro dei Giuseppini del Murialdo, la Scuola Teologica Santa Maria della Quercia del Seminario interdiocesano e l’Istituto Filosofico - Teologico S. Paolo dei Frati Cappuccini.

Il nuovo Istituto ha conservato il nome di Istituto Filosofico - Teologico S. Pietro e l’affiliazione al Pontificio Ateneo S. Anselmo di Roma, propri del precedente Istituto dei Giuseppini.

Il 5 marzo del 2003, con decreto della Congregazione per l’Educazione Cattolica, l’affiliazione al Pontificio Ateneo S. Anselmo è stata rinnovata per un decennio.

In base  all’esperienza, la  Convenzione  tra i  tre enti  fondatori dell’Istituto è stata in parte modificata e integrata il 4 giugno 2004. Allo scopo di promuovere una più forte collaborazione fra i tre organismi, di qualificare ulteriormente l’Istituto nell’ambito culturale e didattico e nella prospettiva di aggiungere al curriculum degli studi un biennio di Licenza, il 15 giugno 2007 i responsabili dei tre enti firmatari della Convenzione hanno firmato un Protocollo d’intesa.

Sulla base dei nuovi accordi sono state revisionate le Norme generali dell’Istituto, da cui sono nati gli Statuti e il Regolamento degli Studi. I nuovi ordinamenti hanno recepito il documento della Conferenza Episcopale Italiana del 2006 “La formazione dei presbiteri nella Chiesa italiana. Orientamenti e norme” e si sono adeguati alle indicazioni del cosiddetto “Processo di Bologna” sottoscritto dalla Santa Sede nel 2003. Essi sono stati definiti dal Consiglio d’Istituto il 24 maggio 2007 e approvati dal Consiglio di Direzione il 15 giugno 2007.

Con decreto del 9 agosto 2008, la Congregazione per l’Educazione Cattolica ha accolto la richiesta di aggregazione alla Facoltà di Teologia del Pontificio Ateneo S. Anselmo e ha approvato i nuovi Statuti (con il recente decreto del 25 luglio 2013, l’aggregazione è stata rinnovata per un altro quinquennio).

Dall’anno accademico 2008-2009 l’Istituto Teologico San Pietro ha attivato il II ciclo di studi teologici per il conseguimento della Licenza in Sacra Teologia con specializzazione in Antropologia Teologica.

Con decreto del 15 maggio 2014, la Congregazione per l’Educazione Cattolica ha concesso l’affiliazione del Triennio Filosofico dell’Istituto Teologico S. Pietro alla Facoltà di Filosofia del Pontificio Ateneo S. Anselmo per un quinquennio. A conclusione del Ciclo triennale, quindi, si può conseguire il grado accademico di Baccalaureato in Filosofia conferito dalla Facoltà di Filosofia del Pontificio Ateneo S. Anselmo.